Конгрес місцевих і регіональних влад Ради Європи організовує свою діяльність через щорічні пленарні сесії та засідання його робочих органів - Бюро, Статутного форуму, статутних комітетів, політичних та робочих груп.
Пленарні сесії Конгресу місцевих і регіональних влад Ради Європи проводяться два рази на рік у штаб-квартирі Ради Європи (м. Страсбург, Франція). Саме пленарні сесії Конгресу мають компетенцію ухвалювати рекомендації та висновки КМРВРЄ для подальшого їх направлення на розгляд в Комітет Міністрів РЄ і/або Парламентську асамблею РЄ, а також резолюції на адресу місцевих і регіональних влад.
Бюро Конгресу здійснює загальне керівництво та координацію діяльності Конгресу і його робочих органів. Очолює Бюро Президент Конгресу Ради Європи. До складу Бюро входять президенти палат та 14 віце-президентів Конгресу. Бюро Конгресу Ради Європи складається з Бюро Палати регіонів та Бюро Палати місцевих влад. Бюро палати складається з голови палати та семи членів, яких кожна палата обирає шляхом прямого таємного голосування раз у два роки. Жодна держава-член не може мати більше одного представника в Бюро кожної з палат. Очолює Бюро Конгресу Ради Європи Президент Конгресу Ради Європи, який обирається один раз на 2 роки від кожної палати по черзі. Голови комітетів та голови політичних груп також беруть участь у роботі Бюро, проте без права голосу.
У 2010 році Президентом Конгресу Ради Європи було обрано представника Великої Британії Кіта Вітмора, Президентом Палати регіонів - Хервіга Ван Стаа (Австрія), Пезидентом палати місцевих влад – Жан-Клода Фрекона (Франція), членом Бюро від України, віце-президентом Палати регіонів - Наталію Романову.
Статутний форум скликається Президентом Конгресу та діє від імені Конгресу в період між сесіями. Тобто Статутний форум, як і пленарна сесія Конгресу, має компетенцію ухвалювати рекомендації, рекомендації та висновки КМРВРЄ, а також організовувати дебати й слухання відповідно до мети Конгресу РЄ. Президент Конгресу є Головою Статутного форуму. До складу Статутного форуму входять голови національних делегацій країн-членів Ради Європи та члени Бюро Конгресу. Голови комітетів та голови політичних груп також беруть участь у його роботі, проте без права голосу.
Комітет з питань дотримання зобов’язань та обов’язків держав – сторін Європейської хартії місцевого самоврядування (далі – Моніторинговий комітет) відповідальний за забезпечення розвитку та збереження місцевої і регіональної демократії в країнах-членах у повній відповідності до їхніх зобов’язань за Європейською хартією місцевого самоврядування (ECLSG) та її Додатковим протоколом після набуття ним чинності. Загальні повноваження комітету читати далі. Спеціальні повноваження комітету читати далі.
Комітет з питань управління відповідальний за розгляд правових та політичних питань, які стосуються ефективного розвитку доброго урядування та демократії на місцевому і регіональному рівнях. Загальні повноваження комітету читати далі. Спеціальні повноваження комітету читати далі.
Комітет з поточних справ з урахуванням основних цінностей Ради Європи та пріоритетів, що встановлюються Головуванням у Комітеті міністрів та Конференцією міністрів, відповідальних за місцеве і регіональне врядування, відповідальний за реагування Конгресу на актуальні та нагальні виклики сьогодення. Загальні повноваження комітету читати далі. Спеціальні повноваження комітету читати далі.